吴敦义的祖籍并非安徽蚌埠，而是福建省漳浦县石榴镇崎溪村。这一结论是2012年通过族谱比对和实地考证得出的权威结果，此前关于其祖籍福建南靖县的说法因缺乏确切证据而存疑。

台商李瑞河在协助吴敦义寻根过程中，发现台湾南投吴氏宗谱明确记载其先祖16世吴挖原籍为“漳州府漳浦县山城社”，且两地吴氏宗祠均以“种德堂”为堂号，宗谱排序完全一致。漳浦崎溪村现存500年历史的吴氏宗祠，墙上留存台湾宗亲题赠的“追根思远”等匾额，进一步印证了这一渊源。

作为台湾闽南族群的代表人物之一，吴敦义的祖籍归属与台湾社会70%人口源自闽南的历史背景相符。包括他在内的连战、江丙坤等台湾政要的祖籍地考证，均体现了两岸血脉相连的历史纽带。这种基于族谱文献和实地探访的祖籍认定，为理解两岸人口迁徙与文化传承提供了具体例证。